Kolej. W tokijskim węźle kolei sieci krajowej (JR) zbiegają się kwartet normalnotorowe linie wysokich prędkości 新幹線 Shinkansen: 東海道新幹線 Tōkaidō Shinkansen od chwili południa, 東北新幹線 Tōhoku Shinkansen, 上越新幹線 Jōetsu Shinkansen, 長野新幹線 Nagano Shinkansen. Punktem końcowym wszystkich tych linii jest Dworzec Tōkyō. Trzy ostatnie wchodzą do miasta wspólną trasą odkąd dworca Ōmiya wewnątrz mieście Saitama, pociągi zatrzymują się ponadto na dworcu Ueno. Tōkaidō Shinkansen ma za to uzupełniający zajezdnia Shinagawa. Klasyczna sieć wąskotorowa JR ma linie magistralne: 東海道本線 Tōkaidō honsen (obsługuje ją zajezdnia Tōkyō), 中央本線 Chūō honsen (obsługa na wskroś zajezdnia Shinjuku), 東北本線 Tōhoku honsen, 上越本線 Jōetsu honsen oraz 常磐線 Jōban-sen (wszystkie trzy obsługiwane wskroś zajezdnia Ueno).
Całość sieci kolei krajowej obsługiwana jest wskroś kolejka JR東日本 JR Higashi Nihon, z wyjątkiem linii Tōkaidō Shinkansen, eksploatowanej na wskroś JR東海 JR Tōkai.
Drogi. Na węzeł ponadregionalnej komunikacji drogowej składa się przede wszystkim struktura autostrad. Tokio jest punktem zbiegu następujących autostrad międzyregionalnych (licząc od momentu pd.-zachodu): 東名高速道路 Tōmei Kōsoku-dōro (kierunek Nagoja, Kansai), 中央自動車道 Chūō Jidōsha-dō (Matsumoto, Nagano), 関越自動車道 Kan'etsu Jidōsha-dō (Nagaoka), 東北自動車道 Tōhoku Jidōsha-dō (Sendai), 常磐自動車道 Jōban Jidōsha-dō (Mita). Ponadto do autostrad państwowych zalicza się trasę regionalną do Jokohamy, trasę do Chiby również potem wschodnim wybrzeżem Zatoki również trasę do lotniska Narita również potem na zbocze Pacyfiku (Kashima). Zalicza się też przeprawę mostowo-tunelową na wskroś Zatokę - 東京湾アクアライン Tōkyō-Wan Aqua-Line. Autostrady państwowe docierają do granic "23-ku", skądże manewr przejmuje sieć miejskich dróg ekspresowych. Tam też znajdują się odcinki nieukończonego zewnętrznego pierścienia autostradowego 東京外環自動車道 Tōkyō Gaikan Jidōsha-dō.
W Tokio zbiega się też 14 dróg krajowych (国道 koku-dō).
Transport morski. Port kupiecki (東京港 Tōkyō-kō), zarządzany na wskroś Prefekturę, ma nabrzeża łącznej długości 2,64 km, ok. 1 km² odkrytej powierzchni magazynowej dostępnej publicznie i ok. 0,2 km² hal magazynowych.[19] W 2005 r. obsłużono 32 180 statków plus przeładowano 92 mln tonus ładunków, z czego połowę wewnątrz handlu międzynarodowym (trzecie obszar w środku kraju). Specyfiką portu jest znaczny wkład transportu kontenerowego (93% tonażu) i przeładunek towarów wysokiej wartości. Instalacje portu występują na wielu sztucznych wyspach: Yashio, 城南島 Jōnanjima, 日の出 Hinode, Aomi, Ariake. Funkcje portowe wymuszają budowę powiązań pośród wyspami wewnątrz postaci wysokich mostów czy tuneli (tych drugich na kanałach portowych jest większość). Dla obsługi części portu leżącego do wnętrza południowych dzielnicach miasta poprowadzono specjalną linię kolei (東海道貨物線 Tōkaidō Kamotsu-sen), od momentu strony dworca towarowego Kawasaki przebiegącą tunelem wobec basenami portowymi. Obsługą statków zajmują się zresztą inne porty Zatoki Tokijskiej: w środku Jokohamie, Kawasaki również Chibie.
Lotniska. Miasto obsługują dwójka międzynarodowe porty lotnicze. Starszy to Lotnisko Haneda (羽田空港 Haneda kūkō, oficjalnie 東京国際空港 Tōkyō Kokusai Kūkō, pol.: "Międzynarodowy Port Lotniczy Tokio") również nowszy - 成田国際空港 Narita Kokusai Kūkō (pol.: Międzynarodowy Port Lotniczy Narita). Haneda znajduje się na terenie miasta, ok. 15 km od chwili centrum, obsługuje przeszło 60 mln pasażerów rocznie plus jest czwartym największym lotniskiem świata. Narita zaś znajduje się krąg miasta tej nazwy (Pref. Chiba), ok. 60 km odkąd ognisko Tokio; obsługuje z okładem 30 mln osób rocznie. Oba lotniska połączone są z miastem siecią kolejową również autostradową. Poza tym istnieje trzecie lotnisko komunikacyjne - 調布飛行場 Chōfu Hikōjō (w mieście Chōfu, Region Tama), obsługujące loty na Wyspy Izu. Duże amerykańskie lotnisko wojskowe (Yokota Air Base) funkcjonuje w środku mieście Fussa.